3. Round
24/08/2016 16:00 Tartu Ülikool Fauna Tartu Ülikool Fauna - EMÜ SK EMÜ SK 4:6
01/09/2016 16:00 Tulevik Viljandi Tulevik Viljandi - JK Sillamäe Kalev JK Sillamäe Kalev 1:0 (0:0)
01/09/2016 17:00 Saue JK Laagri Saue JK Laagri - FC Infonet II FC Infonet II 0:3 (0:1)
04/09/2016 10:00 JK Terav Sats - Raplamaa JK Märjamaa 0:2 (0:0)
04/09/2016 12:00 FC Kuressaare FC Kuressaare - Tallinna JK Legion Tallinna JK Legion 3:2
04/09/2016 14:30 Rumori Calcio Rumori Calcio - JK Kernu Kadakas JK Kernu Kadakas 4:3 (3:2)
06/09/2016 16:00 FC Tartu FC Tartu - FC Infonet FC Infonet 0:11 (0:4)
07/09/2016 15:30 JK Tallinna Kalev JK Tallinna Kalev - SK Tääksi SK Tääksi 5:0 (4:0)
20/09/2016 15:00 Rakvere JK Tarvas Rakvere JK Tarvas - Paide Linnameeskond Paide Linnameeskond 2:3 (0:1)
20/09/2016 17:00 FC Levadia III FC Levadia III - JK Tammeka JK Tammeka 1:8 (0:1)
21/09/2016 15:00 FC Molycorp Silmet - FC Flora III FC Flora III 6:5 (0:3, 4:4) aet
21/09/2016 15:00 Kohtla-Järve JK Järve Kohtla-Järve JK Järve - FC Flora II FC Flora II 0:2 (0:0)
21/09/2016 17:30 Narva United FC Narva United FC - Viimsi JK Viimsi JK 3:2 (0:0, 0:0, 0:0) pso
27/09/2016 17:00 FC Levadia FC Levadia - Raasiku FC Joker Raasiku FC Joker -:-
28/09/2016 17:00 FC Flora FC Flora - Tõrva JK Tõrva JK -:-
05/10/2016 16:00 JK Nõmme Kalju JK Nõmme Kalju - Pärnu JK Poseidon Nirvaana Pärnu JK Poseidon Nirvaana -:-