1. Round 08/08/2016 KF Shkëndija 79 - Sileks Kratovo 2:1
2. Round 14/08/2016 Vardar Skopje - KF Shkëndija 79 3:0
4. Round 28/08/2016 KF Shkëndija 79 - FK Pobeda Junior 3:1 Goal
5. Round 11/09/2016 FK Bregalnica Štip - KF Shkëndija 79 1:1
6. Round 18/09/2016 KF Shkëndija 79 - Makedonija GP 3:0 GoalGoal
7. Round 24/09/2016 FK Rabotnički - KF Shkëndija 79 1:3
8. Round 28/09/2016 KF Shkëndija 79 - FK Renova 1:1
9. Round 02/10/2016 FK Pelister - KF Shkëndija 79 1:2 Goal
10. Round 16/10/2016 Sileks Kratovo - KF Shkëndija 79 1:3
11. Round 23/10/2016 KF Shkëndija 79 - Vardar Skopje 0:2
3. Round 26/10/2016 KF Shkëndija 79 - KF Shkupi 0:1
12. Round 30/10/2016 KF Shkupi - KF Shkëndija 79 0:0
13. Round 05/11/2016 FK Pobeda Junior - KF Shkëndija 79 1:2
14. Round 16/11/2016 KF Shkëndija 79 - FK Bregalnica Štip 5:2 Goal
15. Round 20/11/2016 Makedonija GP - KF Shkëndija 79 0:4 GoalGoal
16. Round 27/11/2016 KF Shkëndija 79 - FK Rabotnički 2:2 GoalGoal
17. Round 30/11/2016 FK Renova - KF Shkëndija 79 1:2 Goal
18. Round 04/12/2016 KF Shkëndija 79 - FK Pelister 1:0
19. Round 19/02/2017 KF Shkëndija 79 - Sileks Kratovo 2:0 Goal
20. Round 26/02/2017 Vardar Skopje - KF Shkëndija 79 3:1 yellow card
21. Round 05/03/2017 KF Shkëndija 79 - KF Shkupi 0:0
25. Round 05/04/2017 FK Rabotnički - KF Shkëndija 79 1:0
26. Round 09/04/2017 KF Shkëndija 79 - FK Renova 1:1
30. Round 30/04/2017 KF Shkupi - KF Shkëndija 79 1:1 Goal
31. Round 03/05/2017 FK Pobeda Junior - KF Shkëndija 79 1:0
32. Round 07/05/2017 KF Shkëndija 79 - FK Bregalnica Štip 3:0
34. Round 21/05/2017 KF Shkëndija 79 - FK Rabotnički 2:2