1. Round 31/07/2016 1. FC Magdeburg - Fortuna Köln 0:3 Goal
2. Round 05/08/2016 Fortuna Köln - Werder Bremen II 2:0
3. Round 09/08/2016 SV Wehen Wiesbaden - Fortuna Köln 3:0
4. Round 13/08/2016 Fortuna Köln - Holstein Kiel 1:0
5. Round 27/08/2016 Rot-Weiß Erfurt - Fortuna Köln 3:0
6. Round 10/09/2016 Fortuna Köln - Chemnitzer FC 1:0
7. Round 17/09/2016 Jahn Regensburg - Fortuna Köln 2:2 Goal
8. Round 21/09/2016 Fortuna Köln - Hansa Rostock 0:2
9. Round 24/09/2016 SG Sonnenhof Großaspach - Fortuna Köln 2:3 Goal
10. Round 01/10/2016 Fortuna Köln - Hallescher FC 1:1 Goal
11. Round 16/10/2016 FSV Frankfurt - Fortuna Köln 6:0
12. Round 22/10/2016 Fortuna Köln - VfR Aalen 0:2
13. Round 29/10/2016 Sportfreunde Lotte - Fortuna Köln 0:1 Goal
14. Round 05/11/2016 Fortuna Köln - Preußen Münster 0:1
15. Round 18/11/2016 Fortuna Köln - FSV Zwickau 2:1 Goal yellow card
16. Round 26/11/2016 SC Paderborn 07 - Fortuna Köln 1:1 Goal
17. Round 03/12/2016 Fortuna Köln - VfL Osnabrück 1:1 Goal
18. Round 10/12/2016 MSV Duisburg - Fortuna Köln 2:0
19. Round 17/12/2016 Fortuna Köln - 1. FSV Mainz 05 II 1:0
20. Round 28/01/2017 Fortuna Köln - 1. FC Magdeburg 2:1
21. Round 05/02/2017 Werder Bremen II - Fortuna Köln 1:1
22. Round 11/02/2017 Fortuna Köln - SV Wehen Wiesbaden 0:0
23. Round 18/02/2017 Holstein Kiel - Fortuna Köln 5:1 Goal yellow card
24. Round 25/02/2017 Fortuna Köln - Rot-Weiß Erfurt 0:1
25. Round 03/03/2017 Chemnitzer FC - Fortuna Köln 3:1
26. Round 11/03/2017 Fortuna Köln - Jahn Regensburg 2:2
27. Round 15/03/2017 Hansa Rostock - Fortuna Köln 1:1
28. Round 18/03/2017 Fortuna Köln - SG Sonnenhof Großaspach 2:0 Goal
29. Round 25/03/2017 Hallescher FC - Fortuna Köln 0:0
30. Round 01/04/2017 Fortuna Köln - FSV Frankfurt 0:0
31. Round 04/04/2017 VfR Aalen - Fortuna Köln 3:0
32. Round 08/04/2017 Fortuna Köln - Sportfreunde Lotte 3:0
33. Round 15/04/2017 Preußen Münster - Fortuna Köln 4:2 Goal
34. Round 23/04/2017 FSV Zwickau - Fortuna Köln 2:1 Goal
35. Round 28/04/2017 Fortuna Köln - SC Paderborn 07 0:1
36. Round 06/05/2017 VfL Osnabrück - Fortuna Köln 1:2 Goal
37. Round 13/05/2017 Fortuna Köln - MSV Duisburg 0:3
38. Round 20/05/2017 1. FSV Mainz 05 II - Fortuna Köln 4:0