| 27. Round | 09/03/2013 | SV Seligenporten | - | SV Heimstetten | 1:3 | ||||
| 28. Round | 17/03/2013 | TSV 1860 München II | - | SV Seligenporten | 6:1 | ||||
| 29. Round | 22/03/2013 | SV Seligenporten | - | SC Eltersdorf | 3:1 | ||||
| 31. Round | 05/04/2013 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 32. Round | 13/04/2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | SV Seligenporten | 0:1 |  |
|||
| 21. Round | 16/04/2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | SV Seligenporten | 3:1 | ||||
| 33. Round | 19/04/2013 | SV Seligenporten | - | 1. FC Nürnberg II | 0:0 | ||||
| 26. Round | 23/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | SV Seligenporten | 2:1 | ||||
| 34. Round | 26/04/2013 | TSV Buchbach | - | SV Seligenporten | 4:0 | ||||
| 35. Round | 03/05/2013 | SV Seligenporten | - | VfL Frohnlach | 0:2 | ||||
| 38. Round | 25/05/2013 | FC Ismaning | - | SV Seligenporten | 3:1 |
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