4. Round 22/08/2003 VfR Aalen - Bayern München II 1:6
5. Round 30/08/2003 1. SC Feucht - Bayern München II 1:2
7. Round 12/09/2003 Stuttgarter Kickers - Bayern München II 1:1
9. Round 26/09/2003 Kickers Offenbach - Bayern München II 0:4
10. Round 05/10/2003 Bayern München II - 1. FC Eschborn 1:1
11. Round 11/10/2003 SV 07 Elversberg - Bayern München II 2:2
13. Round 24/10/2003 TSG Hoffenheim - Bayern München II 2:2
14. Round 02/11/2003 Bayern München II - SC Pfullendorf 5:1
18. Round 18/11/2003 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 0:3
17. Round 22/11/2003 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 0:0
19. Round 20/02/2004 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 0:1
20. Round 27/02/2004 1. FC Saarbrücken - Bayern München II 1:1
21. Round 07/03/2004 Bayern München II - VfR Aalen 3:3
22. Round 12/03/2004 Bayern München II - 1. SC Feucht 0:2
23. Round 19/03/2004 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 2:2
25. Round 04/04/2004 1. FC Kaiserslautern II - Bayern München II 1:4
26. Round 08/04/2004 Bayern München II - Kickers Offenbach 3:1 Goal
24. Round 14/04/2004 Bayern München II - Stuttgarter Kickers 0:2
27. Round 17/04/2004 1. FC Eschborn - Bayern München II 2:2
28. Round 23/04/2004 Bayern München II - SV 07 Elversberg 1:1
29. Round 01/05/2004 FC Augsburg - Bayern München II 1:0
30. Round 09/05/2004 Bayern München II - TSG Hoffenheim 6:2
31. Round 15/05/2004 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1
33. Round 29/05/2004 1. FSV Mainz 05 II - Bayern München II 0:3
34. Round 05/06/2004 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 1:0