1. Round 04/08/1999 SV Darmstadt 98 - Bayern München II 3:1 yellow-red card
2. Round 08/08/1999 Bayern München II - Wacker Burghausen 1:1
3. Round 14/08/1999 Karlsruher SC II - Bayern München II 1:2
4. Round 20/08/1999 Bayern München II - TSV 1860 München II 1:3
5. Round 28/08/1999 FC Augsburg - Bayern München II 0:2
8. Round 12/09/1999 Bayern München II - VfR Aalen 3:2
12. Round 09/10/1999 Bayern München II - VfR Mannheim 2:2
13. Round 17/10/1999 Bayern München II - SSV Reutlingen 0:3
14. Round 24/10/1999 VfB Stuttgart II - Bayern München II 3:0
15. Round 31/10/1999 Bayern München II - FSV Frankfurt 5:2
16. Round 06/11/1999 Quelle Fürth - Bayern München II 3:3 yellow card
17. Round 14/11/1999 Bayern München II - SC Pfullendorf 1:0
20. Round 05/12/1999 Bayern München II - Karlsruher SC II 0:1 yellow card
18. Round 11/12/1999 Bayern München II - SV Darmstadt 98 1:2
19. Round 01/03/2000 Wacker Burghausen - Bayern München II 2:0
21. Round 05/03/2000 TSV 1860 München II - Bayern München II 4:3
22. Round 12/03/2000 Bayern München II - FC Augsburg 3:0
26. Round 12/04/2000 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 5:0
27. Round 16/04/2000 SV Lohhof - Bayern München II 1:3
25. Round 20/04/2000 VfR Aalen - Bayern München II 0:0
28. Round 23/04/2000 Bayern München II - TSF Ditzingen 2:1 Goal
29. Round 28/04/2000 VfR Mannheim - Bayern München II 3:3
30. Round 06/05/2000 SSV Reutlingen - Bayern München II 3:1
31. Round 14/05/2000 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:6 yellow card
32. Round 17/05/2000 FSV Frankfurt - Bayern München II 2:3
33. Round 21/05/2000 Bayern München II - Quelle Fürth 3:0 yellow card
34. Round 27/05/2000 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1