| 29. Round | 22/03/2013 | SV Seligenporten | - | SC Eltersdorf | 3:1 |  |
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| 25. Round | 26/03/2013 | SV Seligenporten | - | FC Augsburg II | 0:3 | ||||
| 31. Round | 05/04/2013 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 30. Round | 09/04/2013 | FC Memmingen | - | SV Seligenporten | 2:0 |  |
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| 32. Round | 13/04/2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | SV Seligenporten | 0:1 | ||||
| 21. Round | 16/04/2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | SV Seligenporten | 3:1 | |
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| 33. Round | 19/04/2013 | SV Seligenporten | - | 1. FC Nürnberg II | 0:0 | ||||
| 26. Round | 23/04/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | SV Seligenporten | 2:1 | ||||
| 34. Round | 26/04/2013 | TSV Buchbach | - | SV Seligenporten | 4:0 | ||||
| 35. Round | 03/05/2013 | SV Seligenporten | - | VfL Frohnlach | 0:2 | ||||
| 37. Round | 18/05/2013 | SV Seligenporten | - | Bayern München II | 0:3 |
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