1. Round 29/07/2016 MSV Duisburg - SC Paderborn 07 1:0
2. Round 07/08/2016 VfL Osnabrück - MSV Duisburg 1:1 Goal
3. Round 10/08/2016 Preußen Münster - MSV Duisburg 1:1 yellow card
4. Round 13/08/2016 MSV Duisburg - 1. FSV Mainz 05 II 4:0
5. Round 26/08/2016 1. FC Magdeburg - MSV Duisburg 1:2
6. Round 10/09/2016 MSV Duisburg - Werder Bremen II 1:0
7. Round 16/09/2016 SV Wehen Wiesbaden - MSV Duisburg 3:0
8. Round 20/09/2016 MSV Duisburg - Holstein Kiel 0:0
9. Round 25/09/2016 Rot-Weiß Erfurt - MSV Duisburg 0:1
10. Round 01/10/2016 MSV Duisburg - Chemnitzer FC 1:0
11. Round 15/10/2016 Jahn Regensburg - MSV Duisburg 1:2
12. Round 22/10/2016 MSV Duisburg - Hansa Rostock 0:1 yellow card
13. Round 29/10/2016 SG Sonnenhof Großaspach - MSV Duisburg 0:0
14. Round 05/11/2016 MSV Duisburg - Hallescher FC 0:0
15. Round 19/11/2016 FSV Frankfurt - MSV Duisburg 0:0
16. Round 26/11/2016 MSV Duisburg - VfR Aalen 2:2
17. Round 04/12/2016 Sportfreunde Lotte - MSV Duisburg 0:2
18. Round 10/12/2016 MSV Duisburg - Fortuna Köln 2:0
19. Round 18/12/2016 FSV Zwickau - MSV Duisburg 1:1
20. Round 28/01/2017 SC Paderborn 07 - MSV Duisburg 0:1
21. Round 04/02/2017 MSV Duisburg - VfL Osnabrück 2:2
22. Round 12/02/2017 MSV Duisburg - Preußen Münster 3:2
24. Round 24/02/2017 MSV Duisburg - 1. FC Magdeburg 0:0
25. Round 05/03/2017 Werder Bremen II - MSV Duisburg 0:0 yellow card
26. Round 11/03/2017 MSV Duisburg - SV Wehen Wiesbaden 0:1
27. Round 14/03/2017 Holstein Kiel - MSV Duisburg 2:0
28. Round 18/03/2017 MSV Duisburg - Rot-Weiß Erfurt 3:2
29. Round 25/03/2017 Chemnitzer FC - MSV Duisburg 2:3
30. Round 01/04/2017 MSV Duisburg - Jahn Regensburg 1:1
31. Round 05/04/2017 Hansa Rostock - MSV Duisburg 1:0
32. Round 08/04/2017 MSV Duisburg - SG Sonnenhof Großaspach 2:1
33. Round 15/04/2017 Hallescher FC - MSV Duisburg 1:1
34. Round 22/04/2017 MSV Duisburg - FSV Frankfurt 3:2
35. Round 29/04/2017 VfR Aalen - MSV Duisburg 2:1
36. Round 06/05/2017 MSV Duisburg - Sportfreunde Lotte 1:1
37. Round 13/05/2017 Fortuna Köln - MSV Duisburg 0:3
38. Round 20/05/2017 MSV Duisburg - FSV Zwickau 5:1