1. Round 04/08/1999 SV Darmstadt 98 - Bayern München II 3:1
2. Round 08/08/1999 Bayern München II - Wacker Burghausen 1:1 yellow card
3. Round 14/08/1999 Karlsruher SC II - Bayern München II 1:2
4. Round 20/08/1999 Bayern München II - TSV 1860 München II 1:3
5. Round 28/08/1999 FC Augsburg - Bayern München II 0:2
6. Round 31/08/1999 Bayern München II - Borussia Fulda 7:1
8. Round 12/09/1999 Bayern München II - VfR Aalen 3:2
14. Round 24/10/1999 VfB Stuttgart II - Bayern München II 3:0 yellow card
15. Round 31/10/1999 Bayern München II - FSV Frankfurt 5:2 GoalGoal
16. Round 06/11/1999 Quelle Fürth - Bayern München II 3:3
17. Round 14/11/1999 Bayern München II - SC Pfullendorf 1:0
19. Round 01/03/2000 Wacker Burghausen - Bayern München II 2:0
22. Round 12/03/2000 Bayern München II - FC Augsburg 3:0
23. Round 17/03/2000 Borussia Fulda - Bayern München II 1:0
24. Round 25/03/2000 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 2:0
26. Round 12/04/2000 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 5:0
27. Round 16/04/2000 SV Lohhof - Bayern München II 1:3 Goal
25. Round 20/04/2000 VfR Aalen - Bayern München II 0:0
28. Round 23/04/2000 Bayern München II - TSF Ditzingen 2:1
29. Round 28/04/2000 VfR Mannheim - Bayern München II 3:3
30. Round 06/05/2000 SSV Reutlingen - Bayern München II 3:1
31. Round 14/05/2000 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:6
32. Round 17/05/2000 FSV Frankfurt - Bayern München II 2:3 Goal
33. Round 21/05/2000 Bayern München II - Quelle Fürth 3:0
34. Round 27/05/2000 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1