1. Round 14/08/2006 FC Augsburg - 1. FC Köln 0:2 yellow card
2. Round 20/08/2006 1. FC Köln - Wacker Burghausen 5:1
3. Round 25/08/2006 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln 3:2
4. Round 15/09/2006 1. FC Köln - Eintracht Braunschweig 4:1
5. Round 25/09/2006 1. FC Köln - Rot-Weiss Essen 1:0
6. Round 29/09/2006 SC Paderborn 07 - 1. FC Köln 2:0
7. Round 16/10/2006 1. FC Köln - Karlsruher SC 1:1
8. Round 20/10/2006 SpVgg Unterhaching - 1. FC Köln 0:0
9. Round 29/10/2006 1. FC Köln - Hansa Rostock 2:2
10. Round 03/11/2006 TuS Koblenz - 1. FC Köln 3:1
11. Round 08/11/2006 1. FC Köln - Erzgebirge Aue 0:1
12. Round 12/11/2006 SC Freiburg - 1. FC Köln 0:0
13. Round 19/11/2006 1. FC Köln - TSV 1860 München 1:2
14. Round 26/11/2006 SpVgg Greuther Fürth - 1. FC Köln 1:2 Goal red card
17. Round 15/12/2006 1. FC Köln - 1. FC Kaiserslautern 2:2
18. Round 21/01/2007 1. FC Köln - FC Augsburg 1:1
19. Round 26/01/2007 Wacker Burghausen - 1. FC Köln 1:3 Goal
20. Round 04/02/2007 1. FC Köln - FC Carl Zeiss Jena 1:0
21. Round 09/02/2007 Eintracht Braunschweig - 1. FC Köln 0:1
22. Round 18/02/2007 Rot-Weiss Essen - 1. FC Köln 5:0
23. Round 25/02/2007 1. FC Köln - SC Paderborn 07 1:1
26. Round 19/03/2007 Hansa Rostock - 1. FC Köln 1:1
27. Round 01/04/2007 1. FC Köln - TuS Koblenz 3:1
28. Round 05/04/2007 Erzgebirge Aue - 1. FC Köln 0:1
29. Round 15/04/2007 1. FC Köln - SC Freiburg 0:3
30. Round 20/04/2007 TSV 1860 München - 1. FC Köln 3:1 Goal
31. Round 29/04/2007 1. FC Köln - SpVgg Greuther Fürth 0:2
32. Round 07/05/2007 MSV Duisburg - 1. FC Köln 1:3
34. Round 20/05/2007 1. FC Kaiserslautern - 1. FC Köln 2:2