3. Round 09/08/2009 FC Carl Zeiss Jena - Bayern München II 6:0
4. Round 16/08/2009 Bayern München II - Dynamo Dresden 0:0
5. Round 22/08/2009 1. FC Heidenheim 1846 - Bayern München II 4:2
6. Round 29/08/2009 Bayern München II - Wuppertaler SV 3:1
7. Round 01/09/2009 VfB Stuttgart II - Bayern München II 2:4
8. Round 06/09/2009 Bayern München II - SV Wehen Wiesbaden 0:0
9. Round 12/09/2009 SV Sandhausen - Bayern München II 4:2
10. Round 18/09/2009 Bayern München II - Jahn Regensburg 0:5
11. Round 27/09/2009 Bayern München II - Erzgebirge Aue 2:3
14. Round 24/10/2009 Borussia Dortmund II - Bayern München II 0:2
15. Round 31/10/2009 Bayern München II - Holstein Kiel 2:1
16. Round 07/11/2009 Wacker Burghausen - Bayern München II 2:1
17. Round 21/11/2009 Bayern München II - Eintracht Braunschweig 1:1
19. Round 05/12/2009 Bayern München II - Kickers Offenbach 2:1
21. Round 24/01/2010 SpVgg Unterhaching - Bayern München II 0:1
23. Round 06/02/2010 Dynamo Dresden - Bayern München II 2:0
26. Round 27/02/2010 Bayern München II - VfB Stuttgart II 2:0
27. Round 06/03/2010 SV Wehen Wiesbaden - Bayern München II 1:2
24. Round 17/03/2010 Bayern München II - 1. FC Heidenheim 1846 4:2
29. Round 20/03/2010 Jahn Regensburg - Bayern München II 1:1
25. Round 23/03/2010 Wuppertaler SV - Bayern München II 5:3
32. Round 03/04/2010 VfL Osnabrück - Bayern München II 4:1
20. Round 06/04/2010 Bayern München II - FC Ingolstadt 04 1:0
33. Round 10/04/2010 Bayern München II - Borussia Dortmund II 3:0
34. Round 13/04/2010 Holstein Kiel - Bayern München II 2:2 yellow card
35. Round 17/04/2010 Bayern München II - Wacker Burghausen 2:0
28. Round 27/04/2010 Bayern München II - SV Sandhausen 2:2