1. Round 02/08/2003 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt 2:0
2. Round 08/08/2003 1. FC Schweinfurt 05 - Bayern München II 0:2 Goal
3. Round 17/08/2003 Bayern München II - 1. FC Saarbrücken 1:1
5. Round 30/08/2003 1. SC Feucht - Bayern München II 1:2
6. Round 07/09/2003 Bayern München II - Sportfreunde Siegen 4:1
8. Round 21/09/2003 Bayern München II - 1. FC Kaiserslautern II 3:0
10. Round 05/10/2003 Bayern München II - 1. FC Eschborn 1:1
11. Round 11/10/2003 SV 07 Elversberg - Bayern München II 2:2
12. Round 18/10/2003 Bayern München II - FC Augsburg 0:0
13. Round 24/10/2003 TSG Hoffenheim - Bayern München II 2:2
14. Round 02/11/2003 Bayern München II - SC Pfullendorf 5:1
15. Round 09/11/2003 VfB Stuttgart II - Bayern München II 1:3 Goal
16. Round 15/11/2003 Bayern München II - 1. FSV Mainz 05 II 2:2
18. Round 18/11/2003 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 0:3 Goal
17. Round 22/11/2003 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 0:0
19. Round 20/02/2004 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 0:1
20. Round 27/02/2004 1. FC Saarbrücken - Bayern München II 1:1
21. Round 07/03/2004 Bayern München II - VfR Aalen 3:3
22. Round 12/03/2004 Bayern München II - 1. SC Feucht 0:2
23. Round 19/03/2004 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 2:2 yellow card
25. Round 04/04/2004 1. FC Kaiserslautern II - Bayern München II 1:4 yellow-red card
24. Round 14/04/2004 Bayern München II - Stuttgarter Kickers 0:2 yellow card
30. Round 09/05/2004 Bayern München II - TSG Hoffenheim 6:2 Goal
31. Round 15/05/2004 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1
32. Round 23/05/2004 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:0
33. Round 29/05/2004 1. FSV Mainz 05 II - Bayern München II 0:3
34. Round 05/06/2004 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 1:0