5. Round | 11/09/2016 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | ||||
6. Round | 18/09/2016 | KF Shkëndija 79 | - | Makedonija GP | 3:0 | ||||
7. Round | 24/09/2016 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | ||||
3. Round | 26/10/2016 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:1 | ||||
13. Round | 05/11/2016 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
14. Round | 16/11/2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Bregalnica Štip | 5:2 | ||||
15. Round | 20/11/2016 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 0:4 |