7. Round | 17/04/2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | ||||
8. Round | 21/04/2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 2:3 | ||||
9. Round | 27/04/2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 1:2 | ||||
16. Round | 24/06/2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 | ||||
18. Round | 19/07/2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 1:2 | ||||
19. Round | 27/07/2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 1:1 |