| 1. Round | 12/07/2009 | Once Caldas | - | Deportivo Pereira | 1:0 |  |
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| 2. Round | 19/07/2009 | Deportivo Pereira | - | Deportivo Pasto | 3:0 |  |
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| 3. Round | 26/07/2009 | Deportivo Cali | - | Deportivo Pereira | 2:1 | |
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| 4. Round | 02/08/2009 | Deportivo Pereira | - | Real Cartagena | 1:1 | |
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| 5. Round | 09/08/2009 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pereira | 0:0 | ||||
| 6. Round | 17/08/2009 | Deportivo Pereira | - | Santa Fe | 0:0 | ||||
| 9. Round | 13/09/2009 | Deportivo Pereira | - | Once Caldas | 4:1 | ||||
| 10. Round | 19/09/2009 | Atlético Huila | - | Deportivo Pereira | 2:1 | |
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| 11. Round | 26/09/2009 | La Equidad | - | Deportivo Pereira | 0:0 | |
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| 12. Round | 04/10/2009 | Deportivo Pereira | - | América de Cali | 2:0 | ||||
| 13. Round | 18/10/2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Pereira | 1:1 | |
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| 14. Round | 22/10/2009 | Deportivo Pereira | - | Deportes Quindío | 4:0 | ||||
| 15. Round | 24/10/2009 | Deportes Tolima | - | Deportivo Pereira | 1:1 | |
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| 16. Round | 01/11/2009 | Deportivo Pereira | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 17. Round | 08/11/2009 | Cúcuta Deportivo | - | Deportivo Pereira | 0:1 |
Paraguay