| 4. Round | 18/08/2012 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bayer Leverkusen II | 3:1 | ||||
| 8. Round | 21/09/2012 | Sportfreunde Siegen | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 9. Round | 26/09/2012 | Bayer Leverkusen II | - | Rot-Weiss Essen | 0:0 | ||||
| 10. Round | 30/09/2012 | SSVg Velbert | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 11. Round | 05/10/2012 | Bayer Leverkusen II | - | SC Verl | 3:1 | ||||
| 12. Round | 20/10/2012 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 13. Round | 27/10/2012 | Bayer Leverkusen II | - | Fortuna Köln | 1:2 | ||||
| 14. Round | 04/11/2012 | Fortuna Düsseldorf II | - | Bayer Leverkusen II | 1:2 | ||||
| 15. Round | 09/11/2012 | Bayer Leverkusen II | - | SV Bergisch Gladbach 09 | 1:2 | ||||
| 16. Round | 17/11/2012 | VfB Hüls | - | Bayer Leverkusen II | 2:3 | ||||
| 17. Round | 23/11/2012 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 18. Round | 27/11/2012 | Bayer Leverkusen II | - | FC Kray | 1:0 | ||||
| 20. Round | 08/12/2012 | SC Wiedenbrück | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 21. Round | 12/12/2012 | Bayer Leverkusen II | - | Viktoria Köln | 2:3 | ||||
| 24. Round | 19/03/2013 | VfL Bochum II | - | Bayer Leverkusen II | 0:0 | ||||
| 38. Round | 25/05/2013 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 3:0 |
Germany