1. Round 26/07/2008 Jahn Regensburg - FC Carl Zeiss Jena 2:2
2. Round 02/08/2008 VfR Aalen - Jahn Regensburg 1:1
3. Round 16/08/2008 Jahn Regensburg - Werder Bremen II 1:0
5. Round 30/08/2008 Jahn Regensburg - Stuttgarter Kickers 1:1 Goal
6. Round 13/09/2008 Fortuna Düsseldorf - Jahn Regensburg 3:1
7. Round 20/09/2008 Jahn Regensburg - SpVgg Unterhaching 1:2
8. Round 26/09/2008 SV Sandhausen - Jahn Regensburg 3:0
9. Round 04/10/2008 Wacker Burghausen - Jahn Regensburg 0:1 Goal
10. Round 18/10/2008 Jahn Regensburg - Erzgebirge Aue 1:4 Goal
11. Round 25/10/2008 Rot-Weiß Erfurt - Jahn Regensburg 4:1 yellow card
12. Round 29/10/2008 Jahn Regensburg - Kickers Emden 0:1 yellow card
13. Round 02/11/2008 Bayern München II - Jahn Regensburg 2:2 Goal
14. Round 08/11/2008 Jahn Regensburg - VfB Stuttgart II 1:1 Goal
15. Round 15/11/2008 Kickers Offenbach - Jahn Regensburg 1:1
16. Round 21/11/2008 Jahn Regensburg - 1. FC Union Berlin 0:2
17. Round 29/11/2008 Wuppertaler SV - Jahn Regensburg 0:0
18. Round 06/12/2008 Jahn Regensburg - Dynamo Dresden 1:0
19. Round 13/12/2008 Eintracht Braunschweig - Jahn Regensburg 0:3
20. Round 20/12/2008 FC Carl Zeiss Jena - Jahn Regensburg 0:0 yellow card
21. Round 08/02/2009 Jahn Regensburg - VfR Aalen 1:0
25. Round 07/03/2009 Jahn Regensburg - Fortuna Düsseldorf 1:2
22. Round 10/03/2009 Werder Bremen II - Jahn Regensburg 2:2
26. Round 14/03/2009 SpVgg Unterhaching - Jahn Regensburg 1:0
23. Round 18/03/2009 Jahn Regensburg - SC Paderborn 07 0:4
28. Round 28/03/2009 Jahn Regensburg - Wacker Burghausen 1:0 yellow card
30. Round 07/04/2009 Jahn Regensburg - Rot-Weiß Erfurt 1:0 red card
32. Round 19/04/2009 Jahn Regensburg - Bayern München II 1:2
33. Round 24/04/2009 VfB Stuttgart II - Jahn Regensburg 1:2
34. Round 02/05/2009 Jahn Regensburg - Kickers Offenbach 1:1
35. Round 09/05/2009 1. FC Union Berlin - Jahn Regensburg 2:0
37. Round 16/05/2009 Dynamo Dresden - Jahn Regensburg 3:1
38. Round 23/05/2009 Jahn Regensburg - Eintracht Braunschweig 2:0