2. Round 08/08/1999 SC Paderborn 07 - LR Ahlen 0:0
3. Round 11/08/1999 Eintracht Trier - SC Paderborn 07 4:1
4. Round 15/08/1999 SC Paderborn 07 - FK Pirmasens 1:1
5. Round 22/08/1999 SC Paderborn 07 - SV 07 Elversberg 2:2
7. Round 05/09/1999 SC Paderborn 07 - VfL Bochum II 1:1
8. Round 12/09/1999 Fortuna Düsseldorf - SC Paderborn 07 0:0
9. Round 19/09/1999 SC Paderborn 07 - KFC Uerdingen 05 1:0 yellow card
10. Round 26/09/1999 FSV Salmrohr - SC Paderborn 07 1:2 yellow card
11. Round 03/10/1999 SC Paderborn 07 - SC Verl 0:0
12. Round 10/10/1999 Preußen Münster - SC Paderborn 07 2:1
13. Round 17/10/1999 SC Paderborn 07 - Bayer Leverkusen II 2:2
14. Round 24/10/1999 SC 07 Idar-Oberstein - SC Paderborn 07 0:3
15. Round 30/10/1999 SC Paderborn 07 - Rot-Weiss Essen 2:1
18. Round 28/11/1999 Sportfreunde Siegen - SC Paderborn 07 1:0
19. Round 05/12/1999 SC Paderborn 07 - 1. FC Kaiserslautern II 0:1
21. Round 18/12/1999 LR Ahlen - SC Paderborn 07 3:1
22. Round 06/02/2000 SC Paderborn 07 - Eintracht Trier 2:1 yellow card
23. Round 13/02/2000 FK Pirmasens - SC Paderborn 07 0:1
24. Round 20/02/2000 SV 07 Elversberg - SC Paderborn 07 2:1 yellow card
25. Round 26/02/2000 SC Paderborn 07 - Borussia Dortmund II 0:2
27. Round 12/03/2000 SC Paderborn 07 - Fortuna Düsseldorf 0:1 yellow card
28. Round 19/03/2000 KFC Uerdingen 05 - SC Paderborn 07 1:1 yellow card
29. Round 26/03/2000 SC Paderborn 07 - FSV Salmrohr 3:0 yellow card
30. Round 02/04/2000 SC Verl - SC Paderborn 07 3:1
32. Round 15/04/2000 Bayer Leverkusen II - SC Paderborn 07 0:3
31. Round 19/04/2000 SC Paderborn 07 - Preußen Münster 3:1 Goal
33. Round 24/04/2000 SC Paderborn 07 - SC 07 Idar-Oberstein 2:0
34. Round 30/04/2000 Rot-Weiss Essen - SC Paderborn 07 2:2
35. Round 07/05/2000 SC Paderborn 07 - 1. FC Saarbrücken 2:0
36. Round 14/05/2000 SG Wattenscheid 09 - SC Paderborn 07 2:0 yellow card
37. Round 22/05/2000 SC Paderborn 07 - Sportfreunde Siegen 2:1
38. Round 28/05/2000 1. FC Kaiserslautern II - SC Paderborn 07 3:2