| 1. Round | 28/08/2016 | ACR Messina | - | Siracusa Calcio 1924 | 3:1 |  |
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| 2. Round | 05/09/2016 | Siracusa Calcio 1924 | - | Foggia Calcio | 1:2 | ||||
| 3. Round | 11/09/2016 | Taranto FC | - | Siracusa Calcio 1924 | 0:0 | ||||
| 8. Round | 09/10/2016 | Siracusa Calcio 1924 | - | Matera Calcio | 2:1 | ||||
| 9. Round | 16/10/2016 | Vibonese Calcio | - | Siracusa Calcio 1924 | 0:0 | |
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| 27. Round | 25/02/2017 | Matera Calcio | - | Siracusa Calcio 1924 | 0:4 | ||||
| 28. Round | 05/03/2017 | Siracusa Calcio 1924 | - | Vibonese Calcio | 4:1 | ||||
| 29. Round | 12/03/2017 | Siracusa Calcio 1924 | - | Fondi | 1:0 | |
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| 30. Round | 19/03/2017 | Fidelis Andria | - | Siracusa Calcio 1924 | 0:1 | |
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| 31. Round | 26/03/2017 | Siracusa Calcio 1924 | - | Reggina 1914 | 1:1 | ||||
| 32. Round | 02/04/2017 | Akragas | - | Siracusa Calcio 1924 | 1:0 | ||||
| 33. Round | 05/04/2017 | Siracusa Calcio 1924 | - | Casertana FC | 2:1 | ||||
| 35. Round | 15/04/2017 | US Catanzaro | - | Siracusa Calcio 1924 | 1:0 | |
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| 38. Round | 07/05/2017 | Siracusa Calcio 1924 | - | Virtus Francavilla | 0:1 |
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