| 20. Round | 04/02/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Fortuna Düsseldorf | 1:1 | ||||
| 21. Round | 10/02/2012 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 22. Round | 19/02/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:0 | ||||
| 23. Round | 24/02/2012 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:2 | ||||
| 24. Round | 02/03/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Union Berlin | 3:3 |  |
 |
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| 25. Round | 11/03/2012 | Dynamo Dresden | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 26. Round | 17/03/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Paderborn 07 | 4:0 | |
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| 27. Round | 23/03/2012 | VfL Bochum | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 28. Round | 01/04/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 29. Round | 08/04/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Alemannia Aachen | 3:3 | ||||
| 30. Round | 11/04/2012 | Eintracht Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 31. Round | 15/04/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Karlsruher SC | 2:1 | ||||
| 32. Round | 21/04/2012 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 | ||||
| 33. Round | 29/04/2012 | FC Ingolstadt 04 | - | Energie Cottbus | 1:0 | |
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| 34. Round | 06/05/2012 | Eintracht Braunschweig | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 |
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