| 1. Round | 09/02/2025 | Cienciano | - | AD Tarma | 2:2 | ||||
| 5. Round | 10/03/2025 | Cienciano | - | Comerciantes Unidos | 3:2 | ||||
| 13. Round | 19/05/2025 | Deportivo Binacional | - | Cienciano | 1:1 |  |
|||
| 15. Round | 14/06/2025 | Cusco FC | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| 16. Round | 22/06/2025 | Cienciano | - | Alianza Atlético | 3:2 | ||||
| 17. Round | 27/06/2025 | Juan Pablo II College | - | Cienciano | 2:2 | ||||
| 18. Round | 05/07/2025 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 1:1 |
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