| 21. Round | 17/01/2016 | UE Olot | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 22. Round | 24/01/2016 | Villarreal CF B | - | Hércules CF | 3:1 | ||||
| 23. Round | 30/01/2016 | Levante UD B | - | Villarreal CF B | 2:4 | ||||
| 24. Round | 07/02/2016 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 1:1 |  |
|||
| 26. Round | 21/02/2016 | Lleida Esportiu | - | Villarreal CF B | 0:1 | ||||
| 27. Round | 27/02/2016 | Villarreal CF B | - | CF Reus Deportiu | 1:1 | |
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| 28. Round | 05/03/2016 | FC Barcelona B | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 30. Round | 20/03/2016 | CE Sabadell | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 31. Round | 26/03/2016 | Villarreal CF B | - | Atlético Baleares | 1:1 | ||||
| 34. Round | 17/04/2016 | CD Eldense | - | Villarreal CF B | 2:1 | |
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| 35. Round | 24/04/2016 | Villarreal CF B | - | Olímpic Xàtiva | 3:0 | |
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| 36. Round | 30/04/2016 | UE Cornellà | - | Villarreal CF B | 2:0 | |
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| 37. Round | 07/05/2016 | Villarreal CF B | - | Pobla de Mafumet CF | 2:0 | ||||
| 38. Round | 15/05/2016 | Espanyol Barcelona B | - | Villarreal CF B | 1:1 |
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