| 1. Round | 31/07/2016 | Terek Grozny | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 2. Round | 08/08/2016 | Spartak Moskva | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | Krylia Sovetov | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 4. Round | 21/08/2016 | Lokomotiv Moskva | - | Krylia Sovetov | 0:0 |  |
|||
| 5. Round | 26/08/2016 | Krylia Sovetov | - | FK Ufa | 0:1 | |
|||
| 6. Round | 09/09/2016 | FK Rostov | - | Krylia Sovetov | 2:1 | ||||
| 7. Round | 18/09/2016 | Krylia Sovetov | - | CSKA Moskva | 1:2 | ||||
| 10. Round | 15/10/2016 | Rubin Kazan | - | Krylia Sovetov | 3:0 | ||||
| 12. Round | 31/10/2016 | FK Orenburg | - | Krylia Sovetov | 1:0 | |
|||
| 13. Round | 05/11/2016 | Krylia Sovetov | - | FK Ural | 2:2 | ||||
| 14. Round | 20/11/2016 | Zenit St. Petersburg | - | Krylia Sovetov | 3:1 | ||||
| 15. Round | 27/11/2016 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 16. Round | 01/12/2016 | Krylia Sovetov | - | Spartak Moskva | 4:0 | ||||
| 17. Round | 05/12/2016 | FK Krasnodar | - | Krylia Sovetov | 1:1 | ||||
| 18. Round | 05/03/2017 | Krylia Sovetov | - | Lokomotiv Moskva | 0:3 | ||||
| 19. Round | 11/03/2017 | FK Ufa | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 27. Round | 08/05/2017 | FK Ural | - | Krylia Sovetov | 1:3 |
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