| 1. Round | 27/07/2008 | Sport Boys | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| 3. Round | 03/08/2008 | FBC Melgar | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 6. Round | 13/08/2008 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 7. Round | 17/08/2008 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 2:1 | ||||
| 8. Round | 24/08/2008 | Juan Aurich | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 13. Round | 28/09/2008 | Cienciano | - | Alianza Atlético | 2:1 | ||||
| 14. Round | 06/10/2008 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cienciano | 0:1 |  |
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| 15. Round | 19/10/2008 | Cienciano | - | Sport Boys | 4:1 |  |
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| 16. Round | 22/10/2008 | José Gálvez | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 17. Round | 26/10/2008 | Cienciano | - | FBC Melgar | 3:1 | |
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| 18. Round | 01/11/2008 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 19. Round | 05/11/2008 | Cienciano | - | Universidad San Martín | 2:1 | |
|||
| 20. Round | 09/11/2008 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 2:1 | ||||
| 21. Round | 15/11/2008 | Cienciano | - | Juan Aurich | 3:1 | |
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| 24. Round | 03/12/2008 | Cienciano | - | Alianza Lima | 4:1 |
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