| 2. Round | 19/07/2009 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 4:2 |  |
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| 3. Round | 26/07/2009 | Boyacá Chicó | - | Envigado FC | 4:2 | ||||
| 4. Round | 02/08/2009 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 1:0 | ||||
| 5. Round | 09/08/2009 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pereira | 0:0 | ||||
| 6. Round | 16/08/2009 | La Equidad | - | Boyacá Chicó | 1:1 | |
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| 7. Round | 23/08/2009 | Boyacá Chicó | - | América de Cali | 1:1 | ||||
| 8. Round | 30/08/2009 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 5:2 | |
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| 9. Round | 13/09/2009 | Deportes Quindío | - | Boyacá Chicó | 1:3 | ||||
| 10. Round | 20/09/2009 | Boyacá Chicó | - | Deportes Quindío | 3:1 | ||||
| 11. Round | 27/09/2009 | Deportes Tolima | - | Boyacá Chicó | 1:1 | ||||
| 12. Round | 03/10/2009 | Boyacá Chicó | - | Millonarios | 2:2 | ||||
| 13. Round | 18/10/2009 | Cúcuta Deportivo | - | Boyacá Chicó | 2:0 | ||||
| 18. Round | 15/11/2009 | Boyacá Chicó | - | Real Cartagena | 4:0 |
Colombia