| 1. Round | 24/07/2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 6. Round | 29/08/2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 4:0 | ||||
| 7. Round | 13/09/2009 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 0:3 | ||||
| 8. Round | 19/09/2009 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 10. Round | 04/10/2009 | Dinamo Zagreb | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 18. Round | 25/02/2010 | Lokomotiva Zagreb | - | NK Varteks | 2:0 | ||||
| 23. Round | 03/04/2010 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 5:1 | ||||
| 24. Round | 10/04/2010 | NK Karlovac | - | NK Varteks | 1:1 |  |
|||
| 25. Round | 14/04/2010 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 1:2 | ||||
| 26. Round | 17/04/2010 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 0:0 | ||||
| 27. Round | 24/04/2010 | NK Varteks | - | NK Croatia Sesvete | 4:1 | |
|||
| 28. Round | 01/05/2010 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 29. Round | 08/05/2010 | NK Varteks | - | NK Zadar | 1:0 | ||||
| 30. Round | 13/05/2010 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 2:3 |
Croatia