| 1. Round | 03/07/2016 | Patriotas FC | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:0 | ||||
| 4. Round | 18/07/2016 | Millonarios | - | Alianza Petrolera | 1:0 | ||||
| 11. Round | 22/07/2016 | Millonarios | - | Once Caldas | 1:1 | ||||
| 5. Round | 24/07/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 6. Round | 30/07/2016 | Millonarios | - | Águilas Doradas | 0:0 | ||||
| 8. Round | 14/08/2016 | Millonarios | - | Fortaleza FC | 3:2 |  |
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| 13. Round | 18/08/2016 | Millonarios | - | Deportivo Cali | 1:0 | |
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| 9. Round | 22/08/2016 | Atlético Nacional | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 12. Round | 15/09/2016 | Boyacá Chicó | - | Millonarios | 0:1 | ||||
| 17. Round | 24/10/2016 | Cortuluá | - | Millonarios | 2:3 | ||||
| 18. Round | 31/10/2016 | Millonarios | - | La Equidad | 1:2 |  |
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| 19. Round | 07/11/2016 | Atlético Huila | - | Millonarios | 0:3 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Millonarios | - | Independiente Medellín | 3:1 |  |
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