| Group B | 21/08/2016 | Universitario de Deportes | - | Alianza Atlético | 4:0 | ||||
| Group B | 11/09/2016 | Ayacucho FC | - | Alianza Atlético | 5:2 | ||||
| Group B | 18/09/2016 | Alianza Atlético | - | Universidad San Martín | 2:3 | ||||
| Group B | 25/09/2016 | Alianza Lima | - | Alianza Atlético | 0:0 | ||||
| Group B | 20/11/2016 | Alianza Atlético | - | Alianza Lima | 4:0 | ||||
| Group B | 27/11/2016 | Comerciantes Unidos | - | Alianza Atlético | 7:2 |  |
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