| 1. Round | 08/01/2012 | Deportivo Guadalajara | - | Atlante | 0:1 | ||||
| 2. Round | 15/01/2012 | Atlante | - | Santos Laguna | 1:2 |  |
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| 3. Round | 22/01/2012 | Puebla FC | - | Atlante | 1:2 | |
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| 4. Round | 29/01/2012 | Atlante | - | Cruz Azul | 2:2 | |
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| 5. Round | 04/02/2012 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 2:3 | ||||
| 7. Round | 18/02/2012 | Estudiantes Tecos | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 8. Round | 26/02/2012 | Atlante | - | CF América | 0:4 | ||||
| 9. Round | 04/03/2012 | UANL Tigres | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 11. Round | 18/03/2012 | CF Pachuca | - | Atlante | 3:2 | ||||
| 14. Round | 08/04/2012 | Club Tijuana | - | Atlante | 2:1 | |
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| 17. Round | 29/04/2012 | Atlante | - | CF Monterrey | 0:3 |
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