| 5. Round | 22/08/2013 | Envigado FC | - | Independiente Medellín | 0:4 | ||||
| 6. Round | 25/08/2013 | Independiente Medellín | - | Once Caldas | 1:2 | ||||
| 8. Round | 01/09/2013 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pasto | 0:0 | ||||
| 7. Round | 12/09/2013 | Boyacá Chicó | - | Independiente Medellín | 3:1 | ||||
| 9. Round | 14/09/2013 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 2:0 |  |
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| 10. Round | 22/09/2013 | Cúcuta Deportivo | - | Independiente Medellín | 0:1 |  |
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| 11. Round | 26/09/2013 | Independiente Medellín | - | Atlético Huila | 4:0 | |
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| 12. Round | 29/09/2013 | Santa Fe | - | Independiente Medellín | 1:1 | |
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| 13. Round | 03/10/2013 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 14. Round | 06/10/2013 | Itagüi Ditaires | - | Independiente Medellín | 1:0 | |
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| 16. Round | 26/10/2013 | Patriotas FC | - | Independiente Medellín | 0:0 | |
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| 17. Round | 03/11/2013 | Independiente Medellín | - | Deportivo Cali | 3:1 | |
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| 18. Round | 10/11/2013 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 3:2 |
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