| 1. Round | 29/07/2012 | KRC Genk | - | Cercle Brugge | 3:3 | ||||
| 2. Round | 05/08/2012 | Oud-Heverlee Leuven | - | KRC Genk | 2:2 | ||||
| 3. Round | 12/08/2012 | KRC Genk | - | Sporting Lokeren | 1:0 |  |
|||
| 4. Round | 18/08/2012 | Lierse SK (old) | - | KRC Genk | 1:1 | ||||
| 5. Round | 26/08/2012 | KRC Genk | - | SV Zulte Waregem | 2:0 | ||||
| 10. Round | 07/10/2012 | Club Brugge KV | - | KRC Genk | 1:1 |  |
|||
| 11. Round | 20/10/2012 | KRC Genk | - | Beerschot AC | 3:0 | ||||
| 12. Round | 28/10/2012 | KV Kortrijk | - | KRC Genk | 1:1 | ||||
| 13. Round | 31/10/2012 | KRC Genk | - | Standard Liège | 0:2 | ||||
| 14. Round | 03/11/2012 | KAA Gent | - | KRC Genk | 1:2 | ||||
| 15. Round | 11/11/2012 | KRC Genk | - | RAEC Mons | 5:1 | ||||
| 17. Round | 25/11/2012 | KRC Genk | - | Oud-Heverlee Leuven | 1:1 | ||||
| 18. Round | 02/12/2012 | Sporting Lokeren | - | KRC Genk | 3:4 | ||||
| 19. Round | 09/12/2012 | KRC Genk | - | Lierse SK (old) | 4:1 | ||||
| 20. Round | 16/12/2012 | SV Zulte Waregem | - | KRC Genk | 3:2 | ||||
| 21. Round | 23/12/2012 | KRC Genk | - | RSC Anderlecht | 2:4 | ||||
| 22. Round | 26/12/2012 | Waasland-Beveren | - | KRC Genk | 1:1 | ||||
| 28. Round | 24/02/2013 | Standard Liège | - | KRC Genk | 0:0 | ||||
| 30. Round | 16/03/2013 | RAEC Mons | - | KRC Genk | 1:5 |
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