| 19. Round | 07/02/2009 | Bayer Leverkusen | - | VfB Stuttgart | 2:4 |  |
|||
| 20. Round | 13/02/2009 | 1899 Hoffenheim | - | Bayer Leverkusen | 1:4 | ||||
| 21. Round | 22/02/2009 | Bayer Leverkusen | - | Hamburger SV | 1:2 | ||||
| 22. Round | 28/02/2009 | Hannover 96 | - | Bayer Leverkusen | 1:0 | ||||
| 23. Round | 08/03/2009 | Bayer Leverkusen | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 25. Round | 21/03/2009 | Bayer Leverkusen | - | Eintracht Frankfurt | 1:1 | ||||
| 26. Round | 05/04/2009 | 1. FC Köln | - | Bayer Leverkusen | 0:2 | ||||
| 27. Round | 12/04/2009 | Bayer Leverkusen | - | Werder Bremen | 1:1 | ||||
| 28. Round | 18/04/2009 | VfL Wolfsburg | - | Bayer Leverkusen | 2:1 | ||||
| 29. Round | 25/04/2009 | Bayer Leverkusen | - | Karlsruher SC | 0:1 | ||||
| 30. Round | 02/05/2009 | FC Schalke 04 | - | Bayer Leverkusen | 1:2 | ||||
| 31. Round | 08/05/2009 | Bayer Leverkusen | - | Arminia Bielefeld | 2:2 | ||||
| 33. Round | 16/05/2009 | Bayer Leverkusen | - | Bor. Mönchengladbach | 5:0 |
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