| 1. Round | 29/07/2006 | NK Međimurje | - | Hajduk Split | 0:2 | ||||
| 2. Round | 05/08/2006 | NK Varteks | - | NK Međimurje | 3:1 |  |
|||
| 5. Round | 26/08/2006 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 9. Round | 30/09/2006 | Kamen Ingrad | - | NK Međimurje | 0:2 |  |
|||
| 10. Round | 14/10/2006 | NK Međimurje | - | NK Zagreb | 2:0 | ||||
| 13. Round | 04/11/2006 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 5:1 | ||||
| 14. Round | 08/11/2006 | NK Osijek | - | NK Međimurje | 1:1 | ||||
| 16. Round | 18/11/2006 | HNK Šibenik | - | NK Međimurje | 3:0 | ||||
| 17. Round | 25/11/2006 | NK Međimurje | - | NK Pula 1856 | 1:0 | ||||
| 18. Round | 02/12/2006 | Slaven Belupo | - | NK Međimurje | 1:0 | ||||
| 15. Round | 09/12/2006 | NK Međimurje | - | Dinamo Zagreb | 2:3 | ||||
| 19. Round | 17/02/2007 | HNK Cibalia | - | NK Međimurje | 0:3 | ||||
| 20. Round | 24/02/2007 | NK Međimurje | - | Kamen Ingrad | 2:0 | ||||
| 22. Round | 10/03/2007 | NK Međimurje | - | HNK Rijeka | 1:2 | ||||
| 26. Round | 14/04/2007 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 0:1 | ||||
| 29. Round | 28/04/2007 | Dinamo Zagreb | - | NK Međimurje | 4:1 | ||||
| 30. Round | 02/05/2007 | NK Međimurje | - | NK Varteks | 1:2 | ||||
| 31. Round | 05/05/2007 | NK Osijek | - | NK Međimurje | 6:1 | ||||
| 32. Round | 12/05/2007 | NK Međimurje | - | NK Pula 1856 | 1:0 |
Croatia