| 1. Round | 18/08/2012 | Girona FC | - | CE Sabadell | 0:0 | ||||
| 3. Round | 01/09/2012 | Girona FC | - | SD Ponferradina | 1:0 | ||||
| 5. Round | 16/09/2012 | Girona FC | - | UD Las Palmas | 5:0 | ||||
| 6. Round | 22/09/2012 | Córdoba CF | - | Girona FC | 2:0 | ||||
| 8. Round | 06/10/2012 | SD Huesca | - | Girona FC | 0:0 | ||||
| 9. Round | 14/10/2012 | Girona FC | - | Recreativo Huelva | 5:2 | ||||
| 10. Round | 20/10/2012 | CD Mirandés | - | Girona FC | 1:1 | ||||
| 17. Round | 09/12/2012 | Xerez CD | - | Girona FC | 0:2 | ||||
| 20. Round | 06/01/2013 | Girona FC | - | UD Almería | 0:1 |
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