| 1. Round | 02/03/2016 | FK Žalgiris | - | FK Trakai | 2:0 | ||||
| 2. Round | 12/03/2016 | FC Stumbras | - | FK Žalgiris | 3:6 | ||||
| 3. Round | 16/03/2016 | FK Žalgiris | - | FK Sūduva | 3:2 | ||||
| 9. Round | 27/04/2016 | FK Žalgiris | - | FC Stumbras | 2:0 | ||||
| 10. Round | 04/05/2016 | FK Sūduva | - | FK Žalgiris | 1:0 | ||||
| 11. Round | 08/05/2016 | FK Žalgiris | - | Utenis Utena | 2:0 | ||||
| 12. Round | 18/05/2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:1 | ||||
| 13. Round | 21/05/2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
| 14. Round | 09/06/2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Žalgiris | 1:1 | ||||
| 15. Round | 15/06/2016 | FK Žalgiris | - | FK Trakai | 3:1 | ||||
| 16. Round | 24/06/2016 | FC Stumbras | - | FK Žalgiris | 0:5 | ||||
| 24. Round | 07/09/2016 | FK Sūduva | - | FK Žalgiris | 0:0 | ||||
| 25. Round | 15/09/2016 | FK Žalgiris | - | Utenis Utena | 2:1 | ||||
| 26. Round | 20/09/2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:4 | ||||
| 27. Round | 01/10/2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 28. Round | 16/10/2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Žalgiris | 0:2 |
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