| 1. MFL | 23/08/15 | Metalurg Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 0:3 | ||||
| 1. MFL | 06/12/15 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 21/02/16 | KF Shkëndija 79 | - | FK Turnovo | 2:0 | ||||
| 1. MFL | 06/04/16 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 20/04/16 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 3:1 |  |
|||
| 1. MFL | 14/08/16 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:0 | |
|||
| 1. MFL | 24/09/16 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | |
|||
| 1. MFL | 23/10/16 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 0:2 | |
|||
| 1. MFL | 26/02/17 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 05/04/17 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 1. MFL | 23/04/17 | Sileks Kratovo | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 | |
|||
| 1. MFL | 26/04/17 | KF Shkëndija 79 | - | Vardar Skopje | 3:1 | ||||
| 1. MFL | 03/05/17 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| Kup | 17/05/17 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 3:4 pso |
North Macedonia
Albania