| 1. Round | 15/05/2016 | FBC Melgar | - | Universidad Técnica | 1:1 | ||||
| 2. Round | 18/05/2016 | Sporting Cristal | - | FBC Melgar | 2:1 | ||||
| 3. Round | 23/05/2016 | FBC Melgar | - | Ayacucho FC | 2:0 | ||||
| 4. Round | 28/05/2016 | Juan Aurich | - | FBC Melgar | 1:1 | ||||
| 8. Round | 10/07/2016 | FBC Melgar | - | Universidad San Martín | 1:0 |  |
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| 10. Round | 20/07/2016 | FBC Melgar | - | Comerciantes Unidos | 3:2 |  |
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| 11. Round | 23/07/2016 | Real Garcilaso | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| 12. Round | 30/07/2016 | FBC Melgar | - | Alianza Atlético | 2:0 | ||||
| 14. Round | 07/08/2016 | FBC Melgar | - | Universidad Cesar Vallejo | 1:1 |
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