| 1. Round | 18/01/2009 | CF Pachuca | - | UANL Tigres | 4:1 |  |
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| 2. Round | 24/01/2009 | Club San Luis | - | CF Pachuca | 1:2 | ||||
| 3. Round | 01/02/2009 | CF Pachuca | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 4. Round | 08/02/2009 | CF América | - | CF Pachuca | 1:3 | |
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| 5. Round | 15/02/2009 | CF Pachuca | - | Pumas UNAM | 3:2 | |
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| 6. Round | 19/02/2009 | Puebla FC | - | CF Pachuca | 2:2 | ||||
| 7. Round | 21/02/2009 | CF Pachuca | - | Indios Juárez | 3:0 | |
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| 8. Round | 01/03/2009 | Deportivo Guadalajara | - | CF Pachuca | 5:0 | |
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| 9. Round | 08/03/2009 | CF Pachuca | - | UAG Tecos | 3:2 | |
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| 10. Round | 14/03/2009 | CF Monterrey | - | CF Pachuca | 2:0 | ||||
| 11. Round | 22/03/2009 | CF Pachuca | - | Club Necaxa | 3:0 | ||||
| 12. Round | 05/04/2009 | Santos Laguna | - | CF Pachuca | 2:2 | ||||
| 13. Round | 12/04/2009 | CF Pachuca | - | Deportivo Toluca | 3:1 | |
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| 14. Round | 19/04/2009 | Monarcas Morelia | - | CF Pachuca | 2:0 | ||||
| 17. Round | 10/05/2009 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 0:5 | |
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Panama