| 1. Round | 19/01/2025 | Real España | - | Deportivo Génesis | 1:1 | ||||
| 2. Round | 25/01/2025 | Deportivo Génesis | - | Lobos UPNFM | 4:0 | ||||
| 3. Round | 30/01/2025 | Victoria | - | Deportivo Génesis | 1:0 | ||||
| 4. Round | 03/02/2025 | Deportivo Génesis | - | Motagua | 1:1 | ||||
| 5. Round | 08/02/2025 | Olancho FC | - | Deportivo Génesis | 1:1 |  |
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| 6. Round | 12/02/2025 | Deportivo Génesis | - | Real Sociedad | 1:1 | |
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| 9. Round | 02/03/2025 | Deportivo Génesis | - | Olimpia | 1:1 | ||||
| 12. Round | 30/03/2025 | Deportivo Génesis | - | Victoria | 3:3 | ||||
| 13. Round | 03/04/2025 | Motagua | - | Deportivo Génesis | 4:1 | |
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| 15. Round | 13/04/2025 | Real Sociedad | - | Deportivo Génesis | 1:0 | ||||
| 16. Round | 19/04/2025 | Marathón | - | Deportivo Génesis | 0:0 | |
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| 18. Round | 04/05/2025 | Olimpia | - | Deportivo Génesis | 4:0 |
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