| 1. Round | 27/01/2025 | Alianza FC | - | Independiente Medellín | 1:1 | ||||
| 2. Round | 02/02/2025 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:0 |  |
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| 3. Round | 09/02/2025 | Envigado FC | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 4. Round | 12/02/2025 | Independiente Medellín | - | Unión Magdalena | 1:1 |  |
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| 5. Round | 16/02/2025 | Millonarios | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 6. Round | 28/02/2025 | Independiente Medellín | - | Llaneros FC | 3:0 | |
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| 7. Round | 04/03/2025 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pasto | 1:0 | ||||
| 8. Round | 09/03/2025 | La Equidad | - | Independiente Medellín | 0:0 | ||||
| 9. Round | 16/03/2025 | Independiente Medellín | - | Deportivo Cali | 0:0 | |
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| 10. Round | 23/03/2025 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:1 | |
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| 11. Round | 30/03/2025 | Independiente Medellín | - | Águilas Doradas | 0:0 | |
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| 16. Round | 27/04/2025 | Fortaleza FC | - | Independiente Medellín | 0:0 | ||||
| 17. Round | 04/05/2025 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:1 | |
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| 19. Round | 20/05/2025 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pereira | 2:0 | |
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