| 3. Round | 14/07/2016 | Deportes Tolima | - | Fortaleza FC | 0:0 | ||||
| 6. Round | 02/08/2016 | Once Caldas | - | Fortaleza FC | 3:0 | ||||
| 7. Round | 06/08/2016 | Fortaleza FC | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 8. Round | 14/08/2016 | Millonarios | - | Fortaleza FC | 3:2 | ||||
| 9. Round | 21/08/2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Bucaramanga | 1:2 |  |
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| 10. Round | 27/08/2016 | La Equidad | - | Fortaleza FC | 2:2 | |
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| 11. Round | 11/09/2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | |
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| 12. Round | 15/09/2016 | Fortaleza FC | - | Envigado FC | 1:2 | |
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