| 1. Round | 07/02/2009 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 2. Round | 15/02/2009 | Millonarios | - | Deportes Quindío | 1:1 | ||||
| 3. Round | 19/02/2009 | Deportes Tolima | - | Millonarios | 3:1 |  |
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| 4. Round | 21/02/2009 | Atlético Huila | - | Millonarios | 2:1 |  |
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| 5. Round | 28/02/2009 | Millonarios | - | Cúcuta Deportivo | 1:0 | ||||
| 8. Round | 19/03/2009 | Deportivo Pasto | - | Millonarios | 0:0 | ||||
| 9. Round | 21/03/2009 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:1 |  |
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| 10. Round | 05/04/2009 | Millonarios | - | Deportivo Cali | 1:0 | ||||
| 11. Round | 12/04/2009 | Real Cartagena | - | Millonarios | 0:0 | ||||
| 12. Round | 19/04/2009 | Millonarios | - | Boyacá Chicó | 0:1 | |
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