| 1. Round | 17/07/2016 | Pumas UNAM | - | Deportivo Guadalajara | 1:0 | ||||
| 2. Round | 24/07/2016 | Deportivo Guadalajara | - | CF Monterrey | 1:0 | ||||
| 3. Round | 30/07/2016 | Club Tijuana | - | Deportivo Guadalajara | 4:0 | ||||
| 4. Round | 07/08/2016 | Deportivo Guadalajara | - | Gallos Blancos | 0:0 | ||||
| 5. Round | 15/08/2016 | Santos Laguna | - | Deportivo Guadalajara | 0:1 | ||||
| 7. Round | 28/08/2016 | CF América | - | Deportivo Guadalajara | 0:3 |  |
|||
| 8. Round | 11/09/2016 | Deportivo Guadalajara | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 12. Round | 02/10/2016 | Deportivo Guadalajara | - | Monarcas Morelia | 2:1 | ||||
| 13. Round | 17/10/2016 | Puebla FC | - | Deportivo Guadalajara | 0:2 | ||||
| 14. Round | 24/10/2016 | Deportivo Guadalajara | - | CF Pachuca | 1:2 | ||||
| 16. Round | 06/11/2016 | Club León | - | Deportivo Guadalajara | 1:1 | ||||
| 17. Round | 20/11/2016 | Deportivo Guadalajara | - | Club Necaxa | 1:1 |
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