| 1. Round | 31/08/2008 | Albacete | - | Sevilla Atlético | 2:1 | ||||
| 2. Round | 07/09/2008 | Sevilla Atlético | - | UD Salamanca | 1:1 | ||||
| 3. Round | 13/09/2008 | Córdoba CF | - | Sevilla Atlético | 1:1 |  |
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| 4. Round | 20/09/2008 | Sevilla Atlético | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 7. Round | 11/10/2008 | UD Las Palmas | - | Sevilla Atlético | 2:0 | |
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| 9. Round | 26/10/2008 | Real Murcia | - | Sevilla Atlético | 1:0 | ||||
| 12. Round | 16/11/2008 | Sevilla Atlético | - | Elche CF | 0:2 | |
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| 15. Round | 07/12/2008 | Sevilla Atlético | - | CD Castellón | 0:2 | |
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| 16. Round | 14/12/2008 | Gimnàstic de Tarragona | - | Sevilla Atlético | 3:1 | |
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| 28. Round | 14/03/2009 | Sevilla Atlético | - | UD Las Palmas | 2:2 |  |
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| 29. Round | 21/03/2009 | Real Zaragoza | - | Sevilla Atlético | 4:0 | ||||
| 30. Round | 28/03/2009 | Sevilla Atlético | - | Real Murcia | 3:3 | ||||
| 31. Round | 05/04/2009 | Hércules CF | - | Sevilla Atlético | 8:0 | ||||
| 33. Round | 18/04/2009 | Elche CF | - | Sevilla Atlético | 2:0 | |
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| 34. Round | 26/04/2009 | Xerez CD | - | Sevilla Atlético | 2:0 | |
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| 39. Round | 30/05/2009 | Sevilla Atlético | - | CD Tenerife | 0:4 | |
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| 40. Round | 07/06/2009 | SD Huesca | - | Sevilla Atlético | 3:0 |
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