| 4. Round | 19/09/1999 | Atalanta | - | SSC Napoli | 1:0 | ||||
| 5. Round | 25/09/1999 | Ternana Calcio | - | Atalanta | 1:1 | ||||
| 6. Round | 02/10/1999 | Atalanta | - | Pescara Calcio | 3:1 | ||||
| 7. Round | 09/10/1999 | Sampdoria | - | Atalanta | 1:0 | ||||
| 8. Round | 23/10/1999 | Atalanta | - | AC Pistoiese | 3:1 | ||||
| 9. Round | 30/10/1999 | AC Monza | - | Atalanta | 1:0 | ||||
| 10. Round | 06/11/1999 | Brescia Calcio | - | Atalanta | 0:0 | ||||
| 17. Round | 05/01/2000 | Fermana FC | - | Atalanta | 1:0 | ||||
| 18. Round | 08/01/2000 | Atalanta | - | AC Savoia 1908 | 4:1 | ||||
| 19. Round | 15/01/2000 | AC Cesena | - | Atalanta | 1:1 | ||||
| 20. Round | 22/01/2000 | Atalanta | - | Cosenza Calcio | 1:1 |  |
|||
| 21. Round | 29/01/2000 | Treviso FBC | - | Atalanta | 2:1 | ||||
| 24. Round | 26/02/2000 | Atalanta | - | Ternana Calcio | 1:2 |  |
|||
| 25. Round | 02/03/2000 | Pescara Calcio | - | Atalanta | 0:1 | ||||
| 26. Round | 12/03/2000 | Atalanta | - | Sampdoria | 3:3 | ||||
| 30. Round | 08/04/2000 | Salernitana Sport | - | Atalanta | 0:1 | ||||
| 35. Round | 20/05/2000 | Alzano Virescit | - | Atalanta | 0:0 |
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