| 2. Round | 16/02/2025 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| 3. Round | 23/02/2025 | Cienciano | - | Deportivo Garcilaso | 2:3 | ||||
| 4. Round | 23/03/2025 | Los Chankas | - | Cienciano | 0:0 | ||||
| 9. Round | 19/04/2025 | Sport Boys | - | Cienciano | 2:2 |  |
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| 10. Round | 29/04/2025 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 2:1 | ||||
| 12. Round | 11/05/2025 | Cienciano | - | FBC Melgar | 1:2 | ||||
| 13. Round | 19/05/2025 | Deportivo Binacional | - | Cienciano | 1:1 |  |
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| 14. Round | 25/05/2025 | Cienciano | - | Universidad Técnica | 6:1 | ||||
| 15. Round | 14/06/2025 | Cusco FC | - | Cienciano | 0:0 |
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