| 2. Round | 05/03/2012 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 3. Round | 11/03/2012 | Cienciano | - | León de Huánuco | 2:3 | ||||
| 4. Round | 18/03/2012 | Real Garcilaso | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 6. Round | 01/04/2012 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 7. Round | 08/04/2012 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:0 | ||||
| 8. Round | 15/04/2012 | FBC Melgar | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 9. Round | 22/04/2012 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 2:2 |  |
|||
| 10. Round | 29/04/2012 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:1 | ||||
| 11. Round | 03/05/2012 | Cienciano | - | Inti Gas | 1:2 | ||||
| 12. Round | 06/05/2012 | Cienciano | - | José Gálvez | 3:1 | ||||
| 13. Round | 12/05/2012 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 4:0 | ||||
| 14. Round | 20/05/2012 | Cienciano | - | Juan Aurich | 0:1 | ||||
| 16. Round | 16/06/2012 | Sport Boys | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 17. Round | 23/06/2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Round | 27/06/2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 |
Peru