| 14. Round | 26/09/2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 15. Round | 02/10/2016 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg 2 | 2:1 |  |
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| 16. Round | 08/10/2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 13. Round | 12/10/2016 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 0:0 | ||||
| 17. Round | 15/10/2016 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | |
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| 18. Round | 22/10/2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 19. Round | 30/10/2016 | FK Khimki | - | Spartak Moskva 2 | 1:0 | |
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| 22. Round | 13/11/2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 23. Round | 19/11/2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 24. Round | 26/11/2016 | FK Khimki | - | Mordovia Saransk | 4:3 | |
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