| 1. Round | 03/07/2016 | Patriotas FC | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 2. Round | 09/07/2016 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:0 |  |
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| 4. Round | 18/07/2016 | Millonarios | - | Alianza Petrolera | 1:0 | ||||
| 11. Round | 22/07/2016 | Millonarios | - | Once Caldas | 1:1 |  |
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| 5. Round | 24/07/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Millonarios | 2:1 | |
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| 6. Round | 30/07/2016 | Millonarios | - | Águilas Doradas | 0:0 | ||||
| 7. Round | 08/08/2016 | Deportes Tolima | - | Millonarios | 3:1 | |
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| 14. Round | 11/08/2016 | Millonarios | - | Atlético Bucaramanga | 0:3 dec. | |
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| 8. Round | 14/08/2016 | Millonarios | - | Fortaleza FC | 3:2 | ||||
| 13. Round | 18/08/2016 | Millonarios | - | Deportivo Cali | 1:0 | |
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| 9. Round | 22/08/2016 | Atlético Nacional | - | Millonarios | 1:0 | ||||
| 10. Round | 29/08/2016 | Santa Fe | - | Millonarios | 1:2 | ||||
| 12. Round | 15/09/2016 | Boyacá Chicó | - | Millonarios | 0:1 | ||||
| 16. Round | 15/10/2016 | Millonarios | - | Envigado FC | 4:1 | |
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| 18. Round | 31/10/2016 | Millonarios | - | La Equidad | 1:2 | |
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| 15. Round | 04/11/2016 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 20. Round | 20/11/2016 | Millonarios | - | Independiente Medellín | 3:1 |
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