| 3. Round | 18/02/2009 | La Equidad | - | Deportivo Pasto | 1:3 |  |
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| 4. Round | 22/02/2009 | Deportivo Pasto | - | América de Cali | 1:0 | |
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| 5. Round | 01/03/2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 6. Round | 08/03/2009 | Deportivo Pasto | - | Deportes Quindío | 0:1 | |
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| 7. Round | 15/03/2009 | Deportes Tolima | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 8. Round | 19/03/2009 | Deportivo Pasto | - | Millonarios | 0:0 | ||||
| 9. Round | 22/03/2009 | Deportivo Pasto | - | La Equidad | 0:1 | |
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| 11. Round | 12/04/2009 | Deportivo Pasto | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 13. Round | 26/04/2009 | Atlético Huila | - | Deportivo Pasto | 2:0 |  |
Colombia